基于用户参与的科研院所机构知识库建设模式研究

文章以用户参与为理论基础,以融入科研管理为实践目标,创新性地提出一种适合科研院所的机构知识库建设模式,并以江苏省农业科学院为例进行了实证研究,该模式兼具传统机构知识库功能,又能体现科研机构特色、解决科研机构成果管理问题.在此基础上,还分析明确了适用于科研院所成果管理和共享的数据审核流程、元数据标准规范、功能模块、系统架构、管理运行机制等.     

不同产地香菇氨基酸组成及营养价值评价

为比较不同产地香菇的氨基酸组成差异,使用氨基酸自动分析仪快速检测了5种不同产地香菇的氨基酸组成,采用氨基酸比值系数法对其氨基酸进行营养价值评价。结果表明,不同产地香菇的氨基酸含量不同,总氨基酸含量在(14.39～18.71) g/100 g;必需氨基酸含量相差较大,其范围为(4.68～6.33) g/100 g,必需氨基酸占总氨基酸(EAA/TAA)的平均值为34%,必需氨基酸占非必需氨基酸(EAA/NEAA)的平均值为51%。在5种香菇样品中,亮氨酸的比值系数(RC)最小,为第一限制性氨基酸,氨基酸比值系数分(SRC)平均值为87.846。四川通江(Q5)香菇的SRC值最高,且各必需氨基酸的RC值与1接近,与模式氨基酸最接近,因此从氨基酸含量及必需氨基酸所占比例来讲,四川通江(Q5)香菇的品质最佳,可作为香菇蛋白产品开发与利用的理想资源。     

基于GM(1,1)的天然次生林空间结构预测

【目的】系统地分析已有天然次生林林分空间结构数据,通过灰色模型预测天然次生林林分空间结构各指标未来的发展趋势,对天然林经营具有十分重要的意义。【方法】以湖南大围山自然保护区典型次生林为研究对象,依据结构化森林经营理论,选取了混交度、竞争指数、角尺度、空间密度指数、开阔比数、大小比数、林分综合均质性指数作为天然次生林林分空间结构合理性评价与预测的量化指标,构建了基于GM(1,1)的天然次生林林分空间结构灰色预测模型。模型将2008年林分空间结构各指标的平均值作为初始值,并在研究区设置了面积为20 m×20 m的5个研究样地(M1,M2,M3,M4,M5),利用保护区2008-2018年典型样地林分空间信息,预测了研究区调研样地2019年-2021年林分空间结构各指标未来的变化趋势。【结果】利用精度检验机制对该模型的精确度进行了有效性检验,检验结果表明,所有指标预测合格概率P合=71.43%,良好的概率P良好=22.86%,优的概率P优=5.71%,表明该预测模型符合精度检验要求。【结论】样地未来3 a各指标整体变化尺度不大,林分空间结构基本稳定。从各指标在2008-2018年时空上的变化规律来看,各样地林分平均竞争指数、平均大小比数及平均空间密度指数是影响林分均质性指数的关键指标。     

不同灌水下限设施番茄土壤CO2排放特征及其影响因素研究

【目的】探讨不同灌水下限设施土壤CO2排放特征及其影响因素,为调控设施土壤水分和碳排放提供理论依据。【方法】在番茄生育期内采用LI-8100A土壤碳通量自动测定仪观测不同灌水下限[20 kPa(D20)、30 kPa(D30)、40 kPa(D40)]下的土壤CO2排放速率,并分析其影响因素。【结果】在番茄生育期内,不同灌水下限设施土壤CO2排放速率变化趋势基本一致,D20处理最高,平均速率为2.759μmol/(m2·s),其次是D30处理,为2.601μmol/(m2·s),D40处理最低,为2.559μmol/(m2·s)。在土壤CO2累积排放量方面,D20处理显著高于其他2个处理,而D30和D40处理之间无显著差异。就单因素模型而言,不同灌水下限处理的土壤CO2排放速率与15 cm土壤温度呈指数回归关系,且均达显著水平(P<0.05);不同灌水下限处理的土壤CO2排放速率与15 cm土壤含水率均呈显著二次回归关系(P<0.05);与单因素模型相比,土壤温度和土壤含水率的双因素复合模型(68.5%~83.8%)可以更好地解释土壤CO2排放的变化。土壤温度敏感系数Q10值在1.442~1.498之间,其中D20处理最敏感,D40处理最不敏感。相关分析结果表明,土壤CO2累积排放量与0~20 cm土层土壤有机质量、pH值、全氮量、速效磷量、速效钾量、碱解氮量和微生物量碳呈显著相关关系。采用PCA分析提取出的2个主成分累积贡献率为85.79%。【结论】灌水下限影响设施土壤CO2的排放,其中D20处理促进了设施土壤CO2的排放。     

Shikonin reverses HGF-induced resistance to gefitinib in lung cancer cells HCC827

AIM: To investigate the effect of shikonin on reversing hepatocyte growth factor(HGF)-induced resistance to gefitinib in lung cancer HCC827 cells, and to explore its possible mechanisms.METHODS: The gefitinib-resistant HCC827 cells induced by HGF were treated with shikonin and gefitinibthe alone or in combination. The inhibition rates of cell viability were determined by MTT assay. The invasive ability of HCC827 cells with HGF-induced resistance to gefitinib was determined by Transwell assay. The protein levels of epithelial-mesenchymal transition (EMT) and related signaling pathway in the HCC827 cells were detected by Western blot.RESULTS: The results of MTT assay showed that the cell activity of HCC827 cells was significantly inhibited by shikonin in a dose dependent manner. The IC₅₀ of shikonin in HCC827 cells was 3.06 μmol/L. And the IC₅₀ of gefitinib in HCC827 cells was 0.51 μmol/L. Under the condition of combined treatment with shikonin and gefitinib in the presence of HGF (20 μg/L), the IC₅₀ of gefitinib was 7.36 μmol/L, significantly lower than that treated with gefitinib alone (P<0.01), so did the result of the cell migration (P<0.01). HGF induced EMT, while shikonin reversed this effect. The protein expression level of p-AKT was significantly up-regulated by HGF, while markedly down-regulated treatment with shikonin and gefitinib compared with gefitinib alone (P<0.01).CONCLUSION: Shikonin reverses HGF-induced resistance to gefitinib in lung cancer HCC827 cells, and the mechanism may be likely related to the preventon of EMT and the inhibition of HGF-induced activation of p-AKT signaling pathway.     

Effect of Jieyuwan on depression-like behaviors and expression of BDNF in hippocampus and prefrontal cortex of WKY rats

AIM:To investigate the mechanism of depression and its development, and to study the expression of brain-derived neurotrophic factor (BDNF) in the hippocampus and prefrontal cortex of Wistar-Kyoto (WKY) rats treated with Jieyuwan. METHODS:Adult male WKY rats were used as an animal model of endogenous depression. Wistar rats of the same strain were selected as control group. WKY rats were randomly divided into model group, citalopram group and Jieyuwan group. After intragastric administration for 21 d, the changes of depression-like behaviors were observed by sucrose preference test and forced swimming test. Immunofluorescence and Western blot were used to detect the expression of BDNF in the hippocampus and prefrontal cortex. RESULTS:WKY rats showed significant depression-like behaviors, and the expression of BDNF was significantly decreased in the hippocampus and prefrontal cortex (P<0.01). The reduction of neuronal axons in hippocampus was also observed. After drug treatment, the depression-like behaviors of WKY rats were significantly attenuated, and the expression of BDNF and the number of axons were increased (P<0.01). CONCLUSION:Jieyuwan effectively attenuates the depression-like behaviors of WKY rats, and BDNF is a key factor in its antidepressant effect. Our findings further confirm the involvement of BDNF in the development of depression.     

大豆PHD家族蛋白的全基因组鉴定及表达特征分析

PHD（Plant Homeodomain Finger）基因家族编码一类锌指转录因子,广泛参与植物的生长发育和逆境应答过程。通过全基因组鉴定获得了95个大豆PHD家族蛋白。通过共线性分析、进化树构建、基因结构和功能结构域鉴定、GO注释分析、不同组织间和非生物胁迫下表达分析等,获得了大豆PHD家族基因复制、家族进化、保守结构域及基因表达等信息。结果表明,大豆PHD基因在家族进化、基因结构和保守结构域上存在较大变异,可能参与Zn ²⁺结合、DNA结合及表观遗传调控等分子过程,参与调控植物生长发育和逆境应答。这些结果为进一步研究大豆PHD家族在生长发育和逆境应答中的生物学功能提供重要线索。     

基于qPCR和LAMP技术的马铃薯晚疫病菌快速检测方法

马铃薯晚疫病菌（Phytophthora infestans）能侵染多种茄科植物,它引起的马铃薯晚疫病,是马铃薯生产中的第一大病害。为了开发能在田间快速检测马铃薯晚疫病病原的方法,利用P. infestans T30-4基因组测序数据的contig 1.18131,设计qPCR和LAMP引物,优化扩增条件后得到引物的特异性和灵敏度,最后通过检测田间收获薯块,比较形态学传统方法、qPCR及LAMP的差异。特异性检测结果发现,qPCR和LAMP仅在含有P. infestans DNA模板的体系有阳性扩增,在寄主和其他微生物DNA中均无扩增;在优化的条件下,qPCR和LAMP的检测下限可达1×10 ^-6ng/μL,在有寄主和其他微生物DNA存在的条件下,引物的灵敏度没有显著差异。利用两种快速方法对在大理、丽江及昆明3个地区田间收获薯块上检测发现,qPCR和LAMP方法得到的检出率差异极为不显著（P=0.420）,两种快速检测方法和形态学鉴定方法检出率差异极显著（P=0.009）。在大理、丽江及昆明3个地区的薯块中,两种分子检测方法检出率均比形态学方法高。其中,qPCR检测方法比形态学方法分别提高了12.00%、2.00%、8.70%;LAMP检测方法比形态学方法分别提高了11.30%、2.00%、8.70%。     

利用MAS技术改良香稻‘R15’的直链淀粉含量

R15是适应性较广,产量较高的中熟晚籼香稻品系,但由于含有Wx^a基因,其直链淀粉含量高达23.5%,严重影响食用口感。因此,我们以含有Wx^b等位基因的不育系Y58S为供体,通过杂交、回交,利用RAD测序技术、分子标记辅助筛选等技术,经过8个世代的筛选,成功用Wx^b基因替换掉R15中的Wx^a基因,培育出1个新的纯合株系——‘深华R16’,其染色体上有10882234 bp长度的碱基,基因型和供体亲本‘Y58S’一致,占2.92%;有362363285 bp长度的DNA片段基因型和受体亲本‘R15’一致,占97.08%;其直链淀粉含量为14%。将‘Y58S’分别与‘深华R16’和‘R15’进行组配,结果表明,‘Y58S’/‘深华R16’组合的直链淀粉含量(13.9%)低于‘Y58S’/‘R15’组合的直链淀粉含量(19.9%),其它米质性状与农艺性状基本一致。本研究为分子标记辅助育种提供了新思路,培育出一新的水稻品系。